Это разные ситуации - у вас изначально программа спасибо не была подключена (судя по проблеме с подключением к Сберспасибо) - соответственно, вам начислились бонусы ММ, они начисляются в аккаунт, верно. Потом при привязке ИД и с подключением к Спасибо ваши бонусы ММ конвертировались в зеленые бонусы спасибо. Можете сейчас отвязать ИД в этом аккаунте - бонусы станут желтыми, и через некоторое время (минут 15) пропадут из аккаунта ММ совсем - это докажет, что зеленые бонусы все-таки привязаны к ИД.
У человека была подключена программа Спасибо и бонусы зачислились в ИД, там остались. После этого он поменял ИД в аккаунте. В этом случае ему нужно было не менять ИД на новый, а в старом ИД изменить номер телефона.