Хосспадя вам всё разжёвывать нужно.
Ты чистишь все файлы, а готовая копия эмуля остаётся, чтобы С НЕЁ делать копии, с которыми и работаешь. Ясно? Создаются чистые копии, ведь все файлы предыдущих копий мы удалили.
Когда ты создаёшь новый экземпляр и ему присваивается имя KOPLAYER4, например, а потом его удаляешь и создаёшь снова, то ему присваивается такое же имя KOPLAYER4 и файлы он использует те же - со старой копии.