1.прогони hd speed, если будут большие провалы (как на фото), то скорее всего жесткому кранты.
2. проверь механические повреждения, контроллер sata и питание.
А собственно пробовал пролистать список процессов и посмотреть, какой процесс забирает всю скорость диска? Там же это отображается в мегабайтах в секунду. Наверняка какой-нибудь юТоррент.