Тогда какие проблемы? Делаешь всё также как и на обычном домашнем компе с виндой.
Смотря для чего, если только для ASF и особенно если за VDS приходится платить, то лучше Линукс т.к. VDS на Линуксе дешевле. А еще Линукс меньше ресурсов жрет, если конечно графический режим не использовать, а только консоль, но в этом случае нужны хотя-бы базовые навыки работы в консольном Линуксе.